No Conselho de Administração funcionam duas Comissões: Controlo e Recursos Graciosos.

COMISSÃO DE CONTROLO

A Comissão de Controlo é composta por quatro administradores nomeados pelo Ministro do Trabalho. 
O Ministro do Trabalho, ouvido o Conselho de Administração designa, para ser adjunto desta comissão, um auditor não Administrador.
A Comissão de Controlo tem como funções: verificar a contabilidade e examinar as contas anuais de gestão, devendo apresentar ao Conselho de Administração um relatório sobre as operações efectuadas no decurso do ano e sobre a situação financeira no fim do ano e proceder, pelo menos, uma vez por ano se sem aviso prévio, a uma verificação de caixa e de contabilidade.

COMISSÃO DE RECURSOS GRACIOSOS

A Comissão de Recursos Graciosos é composta por, pelo menos, três administradores nomeados pelo Ministro do Trabalho. 
À Comissão de Recursos e Graciosos cabe examinar as reclamações das entidades empregadoras ou dos trabalhadores contras as decisões tomadas pela Direcção do INSS, dispondo, para o efeito, de uma ampla delegação de poderes por parte do Conselho de Administração.